令和７年７月10日 時点
| 特区の名称 | 国際/地域 | 計画書 | |
|---|---|---|---|
| 1 | 北海道フード・コンプレックス国際戦略総合特区 | 国際 | ※令和４年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 2 | つくば国際戦略総合特区～つくばにおける科学技術の集積を活用したライフイノベーション・グリーンイノベーションの推進～ | 国際 | |
| 3 | アジアヘッドクォーター特区 | 国際 | |
| 4 | 京浜臨海部ライフイノベーション国際戦略総合特区 | 国際 | |
| 5 | アジアＮｏ．１航空宇宙産業クラスター形成特区 | 国際 |
計画書 別添地図(1/4) 別添地図(2/4) 別添地図(3/4) 別添地図(4/4) |
| 6 | 関西イノベーション国際戦略総合特区 | 国際 | |
| 7 | グリーンアジア国際戦略総合特区 | 国際 |
計画書(1/3) 計画書(2/3) 計画書(3/3) |
| 8 | 札幌コンテンツ特区 | 地域 | ※平成28年４月１日認定取消（特区からの申出による） |
| 9 | 森林総合産業特区 | 地域 | ※令和３年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 10 | レアメタル等リサイクル資源特区 | 地域 | |
| 11 | 栃木発再生可能なエネルギービジネスモデル創造特区 | 地域 | ※平成31年３月29日認定取消（特区からの申出による） |
| 12 | 畜産バイオマスの高効率エネルギー利用、炭化・灰化利用による環境調和型畜産振興特区 | 地域 | ※平成28年４月１日認定取消（特区からの申出による） |
| 13 | 次世代自動車・スマートエネルギー特区 | 地域 | 令和２年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 14 | 柏の葉キャンパス「公民学連携による自律した都市経営」特区 | 地域 | ※令和４年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 15 | 持続可能な中山間地域を目指す自立的地域コミュニティ創造特区 | 地域 | ※令和４年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 16 | 健幸長寿社会を創造するスマートウエルネスシティ総合特区 | 地域 | ※平成2９年３月27日認定取消（特区からの申出による） |
| 17 | とやま地域共生型福祉推進特区 | 地域 | ※平成31年３月29日認定取消（特区からの申出による） |
| 18 | ふじのくに先端医療総合特区 | 地域 | |
| 19 | 未来創造「新・ものづくり」特区 | 地域 | ※令和４年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 20 | 次世代エネルギー・モビリティ創造特区 | 地域 | |
| 21 | 京都市地域活性化総合特区 豊かな文化と自然のもと、世界中から人々が集う、「ほんもの」に出会う京都～５０００万人感動都市～ | 地域 | |
| 22 | 国際医療交流の拠点づくり「りんくうタウン・泉佐野市域」地域活性化総合特区 | 地域 | |
| 23 | あわじ環境未来島特区 | 地域 | |
| 24 | 和歌山県「高野・熊野」文化・地域振興総合特区 | 地域 | ※令和３年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 25 | 「森里海連環 高津川流域ふるさと構想」特区 | 地域 | |
| 26 | たたらの里再生特区（中山間地域における里山を活用した市民による地域再生の挑戦） | 地域 | ※令和３年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 27 | ハイパー＆グリーンイノベーション水島コンビナート総合特区 | 地域 | |
| 28 | 環境観光モデル都市づくり推進特区 | 地域 | ※平成28年４月１日認定取消（特区からの申出による） |
| 29 | 尾道地域医療連携推進特区 | 地域 | ※平成28年４月１日認定取消（特区からの申出による） |
| 30 | 次世代型農業生産構造確立特区 | 地域 | ※平成31年３月29日認定取消（特区からの申出による） |
| 31 | かがわ医療福祉総合特区 | 地域 | ※令和４年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 32 | 西条農業革新都市総合特区 | 地域 | ※平成28年４月１日認定取消（特区からの申出による） |
| 33 | 東九州メディカルバレー構想特区（血液・血管医療を中心とした医療産業拠点づくり特区） | 地域 | |
| 34 | 競争力と持続力を持つ交流６次化モデルの構築特区 | 地域 | |
| 35 | みえライフイノベーション総合特区 | 地域 | |
| 36 | 鳥取発次世代社会モデル創造特区 | 地域 | ※平成2９年３月27日認定取消（特区からの申出による） |
| 37 | 先導的な地域医療の活性化（ライフイノベーション）総合特区 | 地域 | ※令和６年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 38 | 中心市街地と田園地域が連携する高松コンパクト・エコシティ特区 | 地域 | ※平成29年３月27日認定取消（特区からの申出による） |
| 39 | 椿による五島列島活性化特区 | 地域 | ※平成29年３月27日認定取消（特区からの申出による） |
| 40 | さがみロボット産業特区 | 地域 | |
| 41 | ふじのくに防災減災・地域成長モデル総合特区 | 地域 | |
| 42 | 岡山型持続可能な社会経済モデル構築総合特区（ＡＡＡシティおかやま） | 地域 | |
| 43 | 九州アジア観光アイランド総合特区 | 地域 | ※令和３年３月31日認定取消（特区からの申出による |
| 44 | ながさき海洋・環境産業拠点特区 | 地域 | |
| 45 | 群馬がん治療技術地域活性化総合特区 | 地域 | ※令和６年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 46 | 地域の“ものづくり力”を活かした「滋賀健康創生」特区 | 地域 | ※平成３０年３月31日認定取消（特区からの申出による） |
| 47 | 奈良公園観光地域活性化総合特区 | 地域 | |
| 48 | 千年の草原の継承と創造的活用総合特区 | 地域 |